Quando gli apostoli dovettero lasciare Gerusalemme, san Giovanni con Maria Vergine, che gli era stata affidata da Gesù, venne ad Efeso. Ucciso San Paolo, san Giovanni diventò capo della Chiesa di Efeso e fece opera di propaganda della fede in tutta la regione. Alla sua morte fu sepolto alle falde dell'altura della rocca di Selgiuq e sulla sua tomba fu eretta una basilica che, durante l'impero di Giustiniano, venne trasferita nel luogo dove ora si trovano i resti della chiesa di san Giovanni.
